Qui nella braida, dunque, edificarono il monastero, quindi il chiostro e cui si affiancò nel 1229 la chiesa di Santa Maria, tempio romanico a tre navate, rifatto nello stile gotico nel 1347 e poi abbattuto nella parte frontale fino a metà corpo nel 1810; alcuni frammenti della facciata sono allocati nel Museo d'Arte Antica al Castello Sforzesco.
La parte retrostante invece fu mantenuta e incorporata nell’ampliamento del palazzo. Il monastero e la chiesa sorgevano nella attuale zona situata tra via Brera e via Pontaccio.
Sul finire del XVI secolo l`ordine degli Umiliati viene soppresso per volontà del cardinale Borromeo e il convento passa, nel 1572, ai Gesuiti che lo gestiranno per quasi due secoli di dominazione spagnola. I Gesuiti vi apportano un`opera di ristrutturazione radicale, insediandovi la scuola teologica, una biblioteca e una specola per le osservazioni astronomiche.
Il successo delle scuole gesuitiche è documentato da una presenza di allievi eccezionale per l’epoca, oltre 2.000 iscritti; per la qualità dell’insegnamento e la molteplicità delle materie insegnate furono chiamate “universita”.
Dal successo delle scuole derivò la necessità di risanare e ingrandire l’edificio. Nel 1583, dietro approvazione del papa, i Gesuiti incaricarono l’architetto Francesco Maria Richini di trasformare Brera da un convento in un palazzo.
Dopo i primi lavori coordinati da Martino Bassi, si procede alla creazione dell'edificio del "Collegium" secondo il progetto di Francesco Maria Richini (1584-1658), caratterizzato dal grande cortile circondato dal loggiato e dallo scalone a doppia rampa e con il portone ad opera del Piermarini (1734–1808) in epoca neoclassica (sotto gli Asburgo), arricchiti nel corso dell'Ottocento da statue di Milanesi illustri e soprattutto dal divino Napoleone-Marte pacificatore al centro del cortile, fuso in bronzo dal modello di Canova (1757-1822).
Nel 1773 anche la Compagnia di Gesù viene abolita e sotto Maria Teresa d'Austria il Collegio di Brera diviene una scuola laica, la struttura si è notevolmente ampliata: viene aggiunta la Biblioteca, un anno prima era stato fondato l'Osservatorio Astronomico (che esisteva già dal 1764) e nel 1774 viene istituito l'Orto Botanico.
L’incarico era stato affidato al frate dell’ordine vallombrosano Fulgenzio Witman dall’imperatrice Maria Teresa d’Austria che, tra le varie istituzioni scolastiche del palazzo, attribuiva particolare importanza alla scuola di Botanica. Nel 1776 viene aperta anche la prestigiosa Accademia di Belle Arti di Brera. A Giuseppe Piermarini (1734-1808) è affidato l'ampliamento del palazzo di Brera, coronato dal solenne portale sulla facciata.
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